گرچه پیشینه حوزه علمیه قم به سدة دوم هجری برمی­گردد، اما این نهاد آموزشی شیعیان در طول عمر خود دوران متفاوتی را طی کرده است. حوزه قم در سده ­های سوم و چهارم از مراکز فعال امامیه به شمار می ­آمد و پس از آن با افول قدرت حاکمان شیعه و سپس حمله مغولان رونق آن از بین رفت. این دوران چنان در رکود حوزه علمه قم تأثیرگذار بود که حتی تأسیس مدرسة فیضیه در دوران صفویه و توجه شاهان قاجار در ایجاد و تأمین مدارس نیز نتوانست شکوه گذشته را به آن باز گرداند.

در اوایل قرن چهاردهم تلاش­ ها برای احیای حوزه علمیه قم با دعوت علمای شهر از آیت ­الله حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی (ره) به ثمر نشست. قبل از آن برخی از بزرگان گام­ هایی در راستای تحرک بخشیدن به حوزه را آغاز کرده بودند ولی رونق اصلی با مهاجرت آیت ­الله حائری و به پرچمداری وی رخ داد. حائری در سال 1340ق. و چند روز مانده به نوروز با هدف زیارت حرم حضرت معصومه (س) وارد قم شد و با استقبال مردم و اصرار علمای شهر با سکونت در قم محل درس خود را از اراک به آنجا منتقل کرد. پس از آن بسیاری از شاگردان وی نیز از اراک به قم آمدند.

مدیریت توانمند شیخ عبدالکریم در کنار نشاط علمی ایجاد شده بر حسن شهرت حوزه افزود و موجب شد تا بسیاری از علما نیز با ورود به قم باعث تقویت آن شوند. حائری در سبک آموزشی حوزه تغییرات بنیادین به وجود آورد، ابواب علم فقه را تخصصی کرد و با درایت خود توانست از طرح و نقشه­ های دولت برای محدود کردن حوزه به نفع حوزویان بهره برد. نتیجه عملکرد بی­نظیر وی در آموزش وجود شاگردان پرشماری است که در حوزه تحصیل کردند.

3 فروردین 1301

حوزه علمیه قم در سال 1301 توسط آیت ا... حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی تاسیس شد و به خواست خدا چنان برکت و عظمتی یافت که طی مدت کوتاهی کانون اسلام خواهی و مبارزه علیه استعمار و استکبار و استبداد و باعث احیای مجدد قرآن و مکتب اسلام گردید . آیت ا... شیخ عبدالکریم حائری یزدی در 1276 ه . ق در " مهرجرد " از توابع یزد متولد شد. در 6 سالگی پدر خود را از دست داد و تحت سرپرستی مادرش قرار گرفت .

پس از تحصیلات مقدماتی در اردکان و یزد جهت تحصیل و تکمیل علوم دینی به کربلا و سپس به سامرا و نجف مهاجرت کردند . ایشان پس از 37 سال اقامت در کربلا ، سامره و نجف به اراک آمده و حدود 8 سال به تربیت طلاب و تشکیل حوزه مشغول شدند. پس از این دوران به سال 1340 قمری مطابق با سوم فروردین 1301 شمسی به قصد زیارت حضرت معصومه (س) به قم حرکت کردند و همین سفر بود که مرحله تازه ای در تاریخ پرشکوه شیعه را رقم زد، چرا که ایشان با اصرار علما و مردم قم خصوصا حاج شیخ محمدتقی بافقی و پس از استخاره با قرآن تصمیم به اقامت در شهر قم و تاسیس حوزه علمیه این شهر گرفتند .

حوزه علمیه ای که در عصر خفقان رضا خانی مردان روحانی بزرگی را گرد شمع وجودی آیت ا... حائری یزدی پرورش داد به نحوی که شاگردان ایشان بالغ بر 600 نفر شدند. در این میان تقدیر الهی چنین بود که بزرگترین احیاگر اسلام ناب، حضرت امام خمینی (ره) ، از این حوزه برخاسته و دست به قیامی الهی بزنند و نهضت عظیم اسلامی به رهبری روحانیت مبارز شیعی را ایجاد کنند. حوزه علمیه قم از زمان تاسیس تاکنون مرکز اصلی مبارزه و اندیشه مترقی اسلام در عصر حاضر بوده است

   با درگذشت آیت ­الله حائری (ره) در سال 1315ش. و در دوران پر تنش سیاسی ایران حوزه قم از ریاست مقتدری برخوردار نبود. در سال 1323ش. به درخواست علما آیت الله العظمی سید حسین بروجردی (ره) به قم وارد و پس از مدتی ریاست آن را بر عهده گرفت. وی تا سال 1340 زعامت حوزه را برعهده داشت و توانست اقدامات حائری در تجدید تشکیلات حوزه را پی بگیرد. در این دوره حوزه بار دیگر به عظمت دوره قبل دست پیدا کرد و بروجردی توانست در بعد ملی و بین­ المللی نیز فعالیت­ های حوزه را سامان بخشد. اعزام سرپرست برای شیعیان و نماینده به شهرها و مناطق مختلف دنیا، حمایت از فلسطین، پیشنهاد تدریس درس تعلیمات دینی در مدرسه، توسعه فضای آموزشی حوزه، احیا و چاپ کتاب­ های فقهی، حدیثی و رجالی شیعه و تشویق طلاب به ادامه تحصیل باعث شد که حوزه علمیه قم با معتبرترین حوزه علمیه عصر خود، حوزه علمیه نجف، هم طراز شود.